মাওলানা আমকুনী নিজ গ্রাম সুন্দিশাইল মসজিদ থেকে শিক্ষাজীবনের সূচনা করেন। এরপর জামিয়া হুসাইনিয়া রানাপিং,জামিয়া দেউলগ্রাম, জামিয়া ঢাকা দক্ষিণ মাদ্রাসায় প্রাথমিক, উচ্চ মাধ্যমিক পড়াশোনা শেষ করেন। পরবর্তীতে তিনি মুঈনুল ইসলাম হাটহাজারী মাদ্রাসা ও পাকিস্তানের জামিয়া বিন্নুরী নিউ টাউন থেকে উচ্চতর ডিগ্রি অর্জন করেন।

বরেণ্য এ আলেম সিলেট নগরীর সোবাহানীঘাট জামিয়া মাহমুদিয়া মাদ্রাসার প্রতিষ্ঠাতা মুহতামিম, সোবহানীঘাট মসজিদের মুতাওয়াল্লী ও খতিব হিসেবে আজীবন দায়িত্ব পালন করে গেছেন।